Структурно Дніпропетровська  Мала академія наук учнівської молоді розбудована за зразком Малої академії наук України і нараховує 11 відділень:

Відділення	Керівники
Технічні науки	Мазур Іван Петрович Резник Микола Антонович
Фізика та астрономія	Григор’єв Сергій Борисович, к. ф.м. н., доцент ДНУ
Математика	Поляков Олег Володимирович к. ф.м. н., доцент ДНУ
Комп’ютерних наук	Бідуля Олександр Віталійович
Економіки	Лакей Ігор Михайлович, старший викладач
Філології та мистецтвознавства	Попова Ірина Степанівна, професор ДНУ
Філософій та суспільствознавства	Карпова Світлана Генадіївна, к. філ.. н.
Історико-географічне	Світленко Сергій Іванович д.і.н., професор ДНУ Зеленська Любов іванівна, д. п.н., професор ДНУ
Хімії та біології
Екології та аграрних наук